جلسات محاکمه چندين بار تشکيل شد و سرانجام پس از گذشت 5 ماه، خالد اسلامبولي و چهار نفر ديگر از يارانش محکوم به اعدام و تيرباران شدند.

حکم اين پنج تن مسلمان مبارز در سحرگاه روز پنجشنبه 28 فروردين 1361 به اجرا درآمد و بدين ترتيب مرداني به شهادت رسيدند که با ايمان به خداي متعال و در راه اعتلاي کلمه توحيد و برپايي دولت اسلامي، فرعون مصر را به سزاي اعمالش رسانيدند و مردانه در راه هدف مقدس خويش جان باختند.

رژيم مصر از دادن اجساد اين 5 نفر به خانواده هايشان خودداري کرد و آنها را به طور پنهاني در گورستان ناشناسي به خاک سپرد و خانواده هاي آنها در حالي که به يکديگر تبريک مي گفتند، اعلام داشتند که تسليت کسي را نمي پذيرند، چون فرزندانشان را جزو شهدا مي دانند.